Jego tragedią były fatalne wybory polityczne.
Można go zrozumieć, że w 1918 r. wraz księciem Wilhelmem Habsburgiem, zwanym „Wasylem Wyszywanym”, próbował na Kresach utworzyć „Samostijną Ukrainę”.
Jednak popieranie nacjonalistów ukraińskich, szkolonych za niemieckie pieniądze, a także moralne wsparcie udzielone Adolfowi Hitlerowi było ogromnym błędem.
Jego poczynania w tym zakresie najlepiej ilustruje następujący zapis w diariuszu Jana Zaleskiego: Metropolita lwowski obrządku greckokatolickiego, Andrzej Szeptycki, zarządził modły dziękczynne we wszystkich cerkwiach archidiecezji w niedzielę 6 lipca 1941 r. za wyzwolenie Ukrainy i w intencji zwycięskiej hitlerowskiej armii. Sam takie nabożeństwo odprawił w katedrze św. Jura we Lwowie o godz. 10.00 (...) Z kolei, gdy Niemcy zdobyli Kijów, wysłał nawet gratulacje do Hitlera.
Błędem było też udzielenie poparcia dla zbrodniczej Dywizji SS „Galizien”, która 23 kwietnia 1943 r. świętowała swoje powstanie we lwowskiej katedrze greckokatolickiej. Mszę św. celebrował wówczas biskup Józef Slipyj (późniejszy kardynał), a kazanie głosił ks. dr Wasyl Łaba, kanonik kapituły. Na liturgii obecne były także władze niemieckie. A działo się to w chwili, gdy Niemcy z SS, wspierani przez policję ukraińską, dokonywali masowych mordów na Żydach. Wspomniany ks. Łaba został mianowany za zgodą metropolity referentem duszpasterstwa owej formacji, a dwunastu innych księży unickich zostało kapelanami esesmańskimi. Duchowni ci, choć powinni bronić ludzkiego życia, w niczym nie przeciwstawili się swoim „owieczkom”, gdy te wyrzynały w pień bezbronne polskie wioski.
Z kolei zachowane zdjęcia Mszy św. polowych, na których krzyż otoczony jest swastykami
i znakami SS, szokują do dziś. Błędem było także oddelegowanie jako kapelana do niemniej zbrodniczego batalionu Abwehry „Nachtigall” ks. dr. Iwana Hryniocha, proboszcza katedralnego i duszpasterza akademickiego, znanego ze swych nacjonalistycznych zapędów. Przede wszystkim jednak prawdziwą tragedią było „kapelaństwo” w oddziałach UPA niektórych księży greckokatolickich, którzy nie tylko święcili narzędzia zbrodni i do mordów zachęcali, ale i mordami tymi wręcz kierowali (takie drastyczne przypadki opisuję w publikacjach poświęconych zbrodniom w Korościatynie i Kutach). Za współudział w tych mordach żaden z ukraińskich duchownych nie został przez Szeptyckiego pociągnięty do odpowiedzialności.