Dnia 3 grudnia 1994 roku Jan Paweł II powołał księdza prałata dr. Stefana Regmunta do posługi biskupiej, przydzielając mu stolicę biskupią Castel Mediano, ustanawiając go Biskupem Pomocniczym Biskupa Legnickiego. Święcenia biskupie przyjął z rąk Ojca Świętego Jana Pawła II w Uroczystość Objawienia Pańskiego, 6 stycznia 1995 roku w Watykanie. Jego zawołaniem biskupim są słowa: „Servire in caritate” („Służyć w miłości”).

Dnia 21 stycznia odbyła się w Katedrze Legnickiej odbyła się uroczysta inauguracja posługi biskupiej w Diecezji Legnickiej. Pasterskiej trosce Księdza Biskupa Stefana Regmunta powierzono dzieło ewangelizacji, nauczania katolickiego oraz odpowiedzialność za duszpasterstwo młodzieży, tworzenie struktur Akcji Katolickiej w Diecezji Legnickiej, duszpasterstwo powołań oraz duszpasterstwo osób niepełnosprawnych.

W latach 1996-2005 roku pełnił funkcję Delegata Episkopatu Polski ds. powołań. W tym czasie był członkiem Komisji Charytatywnej Episkopatu Polski i Przewodniczącym Sekcji Osób Niepełnosprawnych w tejże Komisji. W roku 2002 wraz z Caritas Polska był organizatorem pociągu specjalnego z Narodową Pielgrzymką Osób Niepełnosprawnych do Lourdes. W roku 2007 Konferencja Episkopatu Polski powierzyła mu funkcję Przewodniczącego Zespołu KEP ds. Służby Zdrowia.

Od 2007 r. piastował urząd biskupa ordynariusza diecezji zielonogórsko-gorzowskiej. 5 maja 2015 r. papież Franciszek przyjął rezygnację bp. Stefana Regmunta ze względów zdrowotnych.