Gościem specjalnym uroczystości był regens Penitencjarii Apostolskiej - bp Krzysztof Nykiel, który podkreśla, że współczesny człowiek może wiele się nauczyć od św. Jakuba Apostoła:

Mszę św. poprzedziło oficjalne otwarcie wystawy poświęconej św. Janowi Pawłowi II, która znajduje się przed jakubowskim sanktuarium.

Na początku Mszy św. uroczyście wniesiono relikwie św. Wojciecha, św. Stanisława Biskupa i Męczennika oraz św. Jadwigi Królowej, a zaraz potem diecezjalny ekonom - ks. Rafał Tur odczytał dekret Penitencjarii Apostolskiej o odpuście udzielonym z racji jubileuszu:

Tuż przed rozpoczęciem Mszy św. głos zabrał kustosz Sanktuarium św. Jakuba Starszego Apostoła w Jakubowie. - Ad maiorem Dei gloriam: na większą chwałę Boga, w Trójcy Świętej Jedynego, dzisiaj 19 czerwca 2026 roku przeżywamy wielki jubileusz 650-lecia Kościoła św. Jakuba Starszego Apostoła w Jakubowie. Na tej Eucharystii dziękujmy wspólnie Bogu za dar kościoła - tego, w którym się modlimy i tego, który tworzymy - mówił ks. Stanisław Czerwiński.

W homilii regens Penitencjarii Apostolskiej podkreślił, że dzisiejszy jubileusz to nie tylko sentymentalna uroczystość, ale konkretny znak. - Sanktuarium w Jakubowie to czytelny znak, że Kościół żyje, gdy jest w drodze, a wiara oddycha, gdy ma przed sobą horyzont i klarowny cel, a nie jedynie pewne zakazy, nakazy, rozporządzenia czy pogoń za tytułami i zaszczytami - mówił bp Nykiel.

Gość z Watykanu w dalszej części homilii odniósł się do Ewangelii. - Gdy matka synów Zebedeusza pyta dla swoich synów o miejsca po prawej i lewej stronie Jezusa. To wydaje się, że to opowieść o wygórowanych ambicjach, o władzy, o marzeniu, by w tym świecie "być kimś", by "Zaistnieć", by "wybić się" w Bożym Królestwie. A Jezus studzi te niezdrowie zabiegi i odpowiada słowami, które są jak twardy fundament pod Jego Kościół "Nie tak będzie między wami" - mówił bp Nykiel. - Ta ostra i jednoznaczna reprymenda Pana Jezusa brzmi jak program, jak swoisty Jezusowo-ewangeliczny manifest! Oby stał się dzisiaj tu w naszym Jakubowie manifestem naszego życia, naszej wiary, manifestem naszej współpracy w Kościele, w diecezji i parafii! Bo siostry i bracia, Jezus chce takiego Kościoła. Kościół Jezusa to Kościół w drodze, a nie zamknięty w twierdzy. To szpital polowy, jak często mawiał papież Franciszek, a nie wygodna rezydencja! Doskonale to rozumiał św. Jakub, który nie był ani strategiem, ani menedżerem, czy urzędnikiem. Był pielgrzymem, był świadkiem, był człowiekiem "drogi", czyli człowiekiem Jezusa! - dodał.

Bp Nykiel podkreślił, że jeżeli Kościół ma się odnowić, to musi sobie uświadomić jedną rzecz. - Musimy przestać walczyć o miejsca po prawej i lewej stronie, ale zacząć klękać przy ranach współczesnego człowieka bo to są rany samego Jezusa - podkreślił w homilii bp Nykiel. - Nam wszystkim z głębi serca życzę, aby to diecezjalne Sanktuarium św. Jakuba stało się swoistym laboratorium przyszłości Kościoła, który jest w drodze i na właściwej drodze bo właśnie na tym polega prawdziwa synodalność. Jakubów nie może stać się jedynie miejscem pradawnej pobożności. Życzę wam, aby stał się nowoczesnym laboratorium Kościoła jutra, miejscem formacji uczniów misjonarz zdolnych nie tylko słuchać słowa Bożego ale nim żyć na co dzień, stając się misjonarzem, świadkiem Ewangelii - dodał.

Na zakończenie Mszy św. bp Krzysztof Nykiel poświęcił figurę Matki Bożej del Pilar, która w 40 r. n.e. objawiła się w Saragossie św. Jakubowi Starszemu, a bp Tadeusz Lityński przypomniał, że do Jakubowa przybywali pielgrzymi już w XII i XIII wieku:

Mszę św. koncelebrował bp Adrian Put i wielu kapłanów. Do Jakubowa na wspólną modlitwę przybyli przedstawiciele wspólnot i bractw jakubowych z całej Polski.

Kościół w Jakubowie został ustanowiony diecezjalnym Sanktuarium św. Jakuba Starszego Apostoła 20 czerwca 2007 roku. Podobnie jak w Santiago de Compostela, znajduje się tu wielka kadzielnica - botafumeiro: