Arcybiskup w 1996 r. został osobistym sekretarzem papieża Polaka, a po jego śmierci w 2005 r. został także sekretarzem papieża Benedykta XVI. – Wierzę, że Jan Paweł II, pozostając tu w cząstce swojego ciała, będzie wypraszał potrzebne łaski dla tych wszystkich, którzy będą się tu z nim spotykać. On zawsze dodawał otuchy i nadziei w pokonywaniu codziennych trudności wzrastania w wierze – powiedział abp Mokrzycki.