Początki wspólnoty sięgają 1991 roku i rekolekcji młodzieżowych w Głogowie pod nazwą „Pustynia w mieście”, które prowadził ks. Zygmunt Zapaśnik. Nazwa ta została zainspirowana książką G.B. Hume’a „W poszukiwaniu Boga”, w której autor wspomina o człowieku żyjącym w stałym napięciu pomiędzy „pustynią”, a „targowiskiem”, czyli pragnieniem spotkania Boga a chęcią działania. Uczestnicy rekolekcji przekonali się, że żyjąc w mieście, potrzebują wyjścia na pustynię, aby tam spotkać Boga. Z czasem z rekolekcji powstała wspólnota składająca się z tzw. komórek. 17 grudnia 2001 roku Pustynia w Mieście została zatwierdzona dekretem biskupim jako stowarzyszenie katolickie.