Uroczystość miała dwie odsłony. Najpierw była Msza św. pod przewodnictwem bp. Pawła Sochy w kościele pw. Ducha Świętego, a potem świętowanie w ogrodzie przy parafii, gdzie z nauczycielami, uczniami, rodzicami i zaproszonymi gośćmi spotkał się bp Tadeusz Lityński. – Dewizą życiową św. Stanisława Kostki były słowa "do wyższych rzeczy zostałem stworzony". On to realizował poprzez pracę intelektualną, ale również poprzez modlitwę, poprzez formację, tę ludzką, chrześcijańską. Chciałbym życzyć, żeby wasza praca intelektualna rozwijała się jeszcze bardziej i żeby towarzyszyła jej modlitwa i Boże błogosławieństwo – mówił bp Lityński.

Historia Zespół Szkół Katolickich św. Stanisława Kostki w Zielonej Górze rozpoczęła się 1 września 1994 roku. Wtedy właśnie swoją działalność rozpoczęło Katolickie Liceum Ogólnokształcące, które mieściło się w budynkach parafii pw. Podwyższenia Krzyża Świętego przy ul. Aliny 17. Szkoła powstała z inicjatywy Stowarzyszenia Rodzin Katolickich, a jej pierwszym dyrektorem był Marek Budniak.

W 1999 roku obok liceum zaczęło działać gimnazjum. W 2012 roku dyrektorem została Anna Traczyk, a rok później bp Stefan Regmunt powierzył kierowanie placówką Akcji Katolickiej. Wkrótce potem powołano Katolicką Szkołę Podstawową, a placówka zmieniła swoją siedzibę na budynek Gimnazjum nr 2 przy ul. św. Cyryla i Metodego 9, gdzie znajduje się do dzisiaj. 18 sierpnia 2014 roku dyrektorem Zespół Szkół Katolickich została Bogna Świdzińska.

Od ubiegłego roku szkoła ma nowy organ prowadzący. Jest nim Centrum Edukacyjne Diecezji Zielonogórsko-Gorzowskiej.

Szkoła cały się czas rozwija. W ubiegłym roku uczęszczało do niej 170 uczniów, a teraz ponad 200. W tym roku ponownie uruchomiono liceum.