W drugim etapie, tj. pod koniec XIII w., wykonano obecne prezbiterium i wschodnie obejście, które nawiązuje do śląskiej architektury zakonów cysterskich. Wzorcem był najprawdopodobniej kościół cystersów w Lubiążu.

W XIII w. po południowej stronie kościoła wzniesiono murowane, piętrowe budynki klasztorne, rozplanowane wokół wirydarza. Przesklepienie wnętrz sklepieniami krzyżowo-żebrowymi zakończyło budowę gotyckiej świątyni, co nastąpiło najprawdopodobniej w 1397 roku.

Wnętrza klasztoru i krużganki były bogato przyozdobione licznymi freskami i obrazami, jednak sama świątynia prezentowała się skromnie, co zgodne było z regułą zakonu.

W 1633 r. pożar uszkodził klasztor i wschodnią część kościoła. Prowadzone od ok. poł. XVI w. do 1 tercji XVII w. prace stanowiły trzeci etap budowy świątyni, podczas których wykonano zachowane do dnia dzisiejszego obejście i cylindryczną w formie kaplicę pw. Krzyża Świętego po północno-wschodniej stronie świątyni.